Absolvent študijného odboru Fyzioterapia – 3. stupeň (PhD.) dokáže samostatne vedecky pracovať v tomto odbore. Ovláda metodológiu vedeckej práce, pozná a vie používať vedecké metódy pri riešení vedeckých problémov v odbore. Dokáže identifikovať a definovať vedecký problém a je schopný spracovať výskumný projekt na jeho riešenie. Pozná a ovláda dielčie časti metodológie a technológie vedeckej práce: spracovanie rešeršnej štúdie k danému vedeckému problému cez všetky druhy informačných zdrojov, vie definovať ciele výskumného projektu, dokáže navrhnúť a použiť systém metodík na riešenie vedeckého problému, vie prakticky uskutočňovať výskumné postupy pri riešení projektu, dokáže vybrať a použiť adekvátne štatistické metódy pri hodnotení výsledkov výskumnej práce, dokáže kriticky zhodnotiť výsledky vedeckej práce a porovnať ich s relevantnými údajmi z domácej a svetovej literatúry, dokáže spracovať a racionálne zdokumentovať výsledky svojej výskumnej aktivity, teoreticky aj prakticky ovláda metodiky publikovania výsledkov svojho výskumu formou prednášky, postery, krátkej informácie, abstraktu a publikácií in extenso v slovenskom a anglickom/nemeckom jazyku aj v elektronickej forme. Ovláda moderné metodiky získavania vedeckých informácií, vie pracovať s vedeckou a odbornou literatúrou, dokáže literárne zdroje adekvátne citovať v texte prednášok a publikácií zverejnených tlačou. Svojou výskumnou prácou sa významne podieľa na rozvoji študijného odboru Fyzioterapia.

 Absolvent disponuje celým radom zručností, ovláda komplexne opis, analýzu a vyhodnocovanie fyzioterapeutických záverov, ovláda základné indikácie, kontraindikácie a aplikácie fyzioterapeutických, balneologických, liečebných rehabilitačných a elektroterapeutických procedúr. Ovláda fyzioterapiu založenú na dôkazoch – v klinickej kineziológii a patokineziológii, vo funkčnej diagnostike lokomočného systému, v klinických metódach kinezioterapie, vo fyzikálnej terapii v rekondično-relaxačných cvičeniach a ergoterapii. Dokáže realizovať základnú funkčnú diagnostiku a rehabilitačný program z hľadiska pracovnej rehabilitácie. 

Základným cieľom doktorandského štúdia je formovať novú generačnú skupinu profesionálne pripravených tvorivých vedeckých a vedecko-pedagogických pracovníkov, schopných nielen špeciálnej, ale aj multidisciplinárnej reflexie v problematike Fyzioterapie.